После окончания жестокой Мировой Войны в Японии наука сделала резкий скачок вверх и начала развиваться не по дням, а по часам, давая человечеству выбор продолжать жить и ослаблять страдания с помощью современной кибернетики. Все человечество связано с помощью системы умов и личностей, известных как «Призраки». Самой большой угрозой цивилизации являются кибер-террористы, которые способны украсть человеческие тела и память.

Когда вирус под названием FIre-Starter заражает систему и начинает распространяться, происходит убийство премьер-министра Японии, совершенное таинственным киборгом. Майора Мотоко Кусанаги и её элитную команду оперативников специального назначения призывают выследить источник заражения. Копаясь всё глубже и глубже в расследовании, они обнаруживают следы правительственной коррупции и подозрительного брокера, который может иметь к этому отношение.

Когда цель может находиться где угодно и выглядеть как угодно, единственный выбор, который остаётся, — это доверять своему Призраку и надеяться, что Вы не заражены.