Действие разворачивается в 0097 году Вселенского Века, спустя год после событий OVA «Мобильный воин Гандам: Единорог».

Несмотря на открытие «Ящика Лапласа» и признание прав ньютайпов, мир не претерпел значительных изменений. Конфликт, названный «Инцидентом Лапласа», закончился распадом группировки остатков Нео-Зиона, известных как «The Sleeves». В последней битве два мобильных доспеха продемонстрировали силу, недоступную человеческому пониманию. Белый Единорог и Чёрный Лев были запечатаны, и теперь, казалось бы, полностью забыты. Но внезапно появляется считавшийся утерянным два года назад третий мобильный доспех серии «Единорог» — золотой «Фенекс»...